音乐学院少数民族器乐系创建于2008年，是国内首家专门的少数民族器乐专业学科，为中国少数民族器乐音乐专业化发展作出重要贡献。教学成果《少数民族音乐高校专业化传承与“民族英才”培养之创新模式》在国家民委2019年度民族院校教学成果评估中，获得A级教学成果奖。

少数民族器乐系以促进少数民族器乐教育事业发展、突出少数民族器乐办学特色、培养少数民族器乐人才为教学宗旨。专业涵盖少数民族器乐主要器种，有马头琴、火不思、冬不拉、热瓦普、芦笙、四胡、三弦、艾捷克、弹布尔、手鼓、伽倻琴、手风琴、巴乌、竹笛等。建系以来汇集了一批优秀的专业教师，他们为少数民族器乐学科的建设与发展起到了重要作用，并在各自专业领域具有权威性，有巴雅尔、卫星、阿里木江、依曼那列、张全胜、穆热阿勒·比目拉提等。现专任教师有教师（包括外聘）15名。

少数民族器乐系办学是以挖掘少数民族器乐的专业艺术性、培养少数民族器乐音乐专门人才，服务少数民族地区音乐文化发展为目标，它为中国少数民族器乐音乐专业化教学做出榜样、奠定了基础。多年来少数民族器乐系在探索中国少数民族器乐音乐专业化发展的教育模式，促进少数民族器乐音乐作品发展，推动民族音乐文化繁荣等方面取得卓越成绩。并在专业教学研究、人才培养、艺术实践等方面形成了特色鲜明的治学模式，确立了少数民族器乐得以专业化发展的教育与传承机制。目前该系拥有“马头琴乐团”、“冬不拉乐团”、“芦笙管乐团”“维吾尔族器乐团”等演奏团体，出版《火不思演奏教材》《冬不拉演奏教程》《热瓦甫演奏教程》《蒙古四胡教程》等多部特色教材，出版多部音乐专辑、专场演出实况。

少数民族器乐系师生尤为重视艺术实践与社会服务相结合，常受邀参加国家外事活动演出，足迹遍布欧洲、美洲、亚洲、非洲和我国港、澳、台等地区，多次受邀参与国家重大文化活动，并受到国家领导人多次接见。如：2018年“少数民族器乐系成立10周年庆典音乐会”；2018年“中国少数民族器乐发展高层论坛”；2018年“全国少数民族参观团专场音乐会”；2018年“爱尔兰教育文化交流日音乐会”；2018年“庆祝改革开放40周年——2018年北京艺术院校教学成果展示活动”；2019年“中央民族大学与马来西亚国立大学文化交流演出”；2019年录制CCTV五四特别节目《我们都是追梦人》《一起音乐吧》；2019年“民族风·两岸情联欢晚会”，等等。