音乐学系下设音乐学理论与音乐教育两个专业，音乐教育前身为1993年成立的音乐教育系，音乐学理论前身为2002年创建的音乐学教研室，招收首届音乐学理论专业学生，2003年更名音乐学系。

音乐学系已形成本科、硕士研究生、博士研究生不同层次的完整教育教学体系，向社会特别是民族地区培养输送了一批优秀的专业人才，为民族音乐事业的发展做出了积极贡献。

音乐学系现有专职教授与副教授5名、讲师2名，具有博士学位者6名、硕士学位者1名。博士生导师1名、硕士生导师5名。在校生每年约本科40名、硕士研究生30名、博士研究生10名。

音乐学系在承担本专业课教学与人才培养工作的同时，承担音乐学院公共理论课程的讲授，形成了不同层级的有特色、有创新的系列课程体系。如《中国少数民族传统音乐概论》《中国汉族传统音乐概论》《中国少数民族音乐听辨与模唱》《中国汉族音乐听唱与模辨》《中国少数民族乐器》《世界音乐概论》《印度节奏分析与实践》《音乐的记录与描述》《音乐的阐释》《音乐治疗学》《中国少数民族音乐研究》（硕士生课程）《中国少数民族音乐研究专论》（博士生课程）等。

音乐学系教师始终坚持学术研究，赴国内外多地进行学术讲座，交流个人学术成果，出版发表著作与教材。部分学术研究为国内外相关领域的补白性成果，成为推动该学科发展的重要新要素，主要有：《西藏本土文化、本土宗教——苯教音乐》《蒙古佛教音乐文化的多元性》《藏文佛经中的音乐史料》《蒙古佛教本尊与护法神诵经音乐之密律》《中国少数民族乐器》《中国少数民族传统音乐概观》《儿童音乐治疗理论与实务技术》《轮回中的韵律——北印度塔布拉鼓探微》等。

音乐学系的教学与学术研究扎根于少数民族音乐文化宝库，在学科发展方面已积累了可喜成果，初步形成了独具特色的学科发展趋势，如在中国少数民族音乐形态与特征研究、中国少数民族与汉族音乐文化的比较研究、藏传佛教音乐研究、蒙古佛教音乐研究、苯教音乐研究、博教音乐研究、少数民族戏剧音乐研究以及少数民族原始宗教与祭祀音乐研究等方面成就显著。

音乐学系是以中国少数民族音乐文化作为学科发展根基与观照范畴，以培养少数民族音乐学人才，研究充实少数民族音乐教育与音乐理论为学科目标。同时，本学科也发展其他专业研究方向，丰富本科和硕士研究生的教学研究内容，目前为止有音乐治疗学、世界民族音乐、西方音乐研究等方向。